腔镜中心是国内儿童医院最早开展腹腔镜手术的单位之一。1983年就已经将腔镜技术应用于小儿外科，积极推进儿童腔镜技术的发展和应用。2018年完成腔镜手术3952台，近 3年每年腹腔镜胆总管囊肿手术 120-150例(累积已经完成超过500例，居全国单中心第二)，腹腔镜巨结肠根治手术70-80例。中心有多名医师获得达芬奇手术资质，已经完成达芬奇手术30余例，包括肾盂整形术、后腹膜肿瘤切除术、胆总管囊肿根治术等。腹腔镜肝叶切除、脾脏部分切除、胰腺部分切除、肺叶/肺段切除、食道裂孔疝修补等技术也在国内处于领先水平。

腔镜中心分诊疗区、清洗消毒区、清洁区，有专职的内镜消毒人员，有先进的内镜清洗消毒设备，内镜及附件的消毒完全按卫生部《内镜清洗消毒技术操作规范》严格进行并定期对内镜进行致病微生物的检测和培养。